La Faute-sur-Mer est placée sur une petite bande de terre côtière de l'extrême-sud de la Vendée.
À l'ouest, la commune est bordée, sur 8 kilomètres, par une plage de sable ininterrompue se terminant par un espace réservé au naturisme. Elle est donc naturellement devenue une petite station balnéaire.
À l'est, elle est bordée par le fleuve du Lay qui la sépare du petit port de L'Aiguillon-sur-Mer. Deux ponts (un pour piétons, un pour voitures) relient les deux communes jumelles.
Du sud au nord, on peut diviser la commune en trois zones :
